Metode otkrivanja koje nisu zasnovane na nukleinskim kiselinama

Jednom kad se uzročni izolira iz kulture, mora se prepoznati. Identifikacijske metode koje nisu zasnovane na nukleinskim kiselinama koriste fenotipske (funkcionalne ili morfološke) osobine uzročnika a ne genetičku identifikaciju.

Osobine rasta uzročnika na hranjivoj podlozi, poput veličine, boje i oblika kolonija pružaju naznake vrste, te u kombinaciji s bojenjem po Gramu usmjeravaju daljnje pretrage. Postoje brojne biokemijske pretrage, od kojih je svaka ograničena na uzročnike određene vrste (npr. aerobne i anaerobne bakterije). Nekima se otkriva sposobnost uzročnika da za rast iskorištava razne supstrate. Drugima se određuje postojanje ili aktivnost ključnih enzima (npr. koagulaze, katalaze). Testovi se izvode uzastopno, a prethodni rezultat određuje koji će biti sljedeći test. Nizovi testova su brojni a ponešto se razlikuju od laboratorija do laboratorija.

Identifikacijske metode koje nisu zasnovane na nukleinskim kiselinama mogu uključivati ručne postupke, automatizirane sustave ili kromatografske metode. Neki na tržištu dostupni “kitovi“ sadrže niz pojedinačnih testova koji se mogu izvoditi istovremeno koristeći samo jedan uzorak a mogu biti korisni za širi raspon uzročnika. Sustavi višestrukih testova mogu biti vrlo točni, ali može biti potrebno nekoliko dana da daju rezultat.

Kromatografske metode: Sastavnice mikroorganizama se razdvajaju i otkrivaju pomoću visoko djelotvorne tekućinske kromatografije (engl. high–performance liquid chromatography = HPLC) ili plinske kromatografije. Obično se otkrivanje zasniva na usporedbi masnih kiselina mikroorganizma s bazom podataka. Kromatografske se metode mogu koristiti za otkrivanje aerobnih i anaerobnih bakterija, mikobakterija i gljivica. Točnost testa ovisi o okolnostima u kojima je uzgajana kultura uzročnika i kvaliteti baze podataka, koja može biti netočna ili nepotpuna.