Metode otkrivanja zasnovane na nukleinskim kiselinama

Metodama otkrivanja zasnovanim na nukleinskim kiselinama otkrivaju se za mikroorganizam specifične nizovi DNK ili RNK izdvojeni iz mikroorganizama. Nizovi mogu i ne moraju biti amplificirani in vitro. Metode otkrivanja zasnovane na nukleinskim kiselinama su općenito specifične i vrlo osjetljive te se mogu koristiti za sve skupine mikroorganizama. Rezultati se mogu dobiti brzo. Budući da je svaki test tipično specifičan za pojedini mikroorganizam, kliničar mora znati dijagnostičke mogućnosti te shodno njima zatražiti izvođenje određene pretrage.

Metode otkrivanja zasnovane na nukleinskim kiselinama su kvalitativne, no za ograničeni broj infekcija (npr. HIV–om, citomegalovirusom, humanim T–staničnim limfotropnim virusom), postoje kvantifikacijske metode; ovo može biti korisno pri postavljanju dijagnoze i za praćenje odgovora na liječenje.

Metode koje nisu zasnovane na amplifikaciji nukleinskih kiselina se koriste ako je mikroorganizam isprva uzgojen u kulturi ili se u uzorku nalazi u visokim koncentracijama (npr. kod faringitisa uzrokovanog grupom A Streptokoka, genitalnih infekcija uzrokovanih s Chlamydijom trachomatis i Neisserijom gonorrhoeae).

Amplifikacija: Metodama amplifikacije (pojačavanja) nukleinskih kiselina uzimaju se male količine DNK ili RNK te ih se puno puta replicira, a čime se može otkriti sićušne tragove mikroorganizma u uzorku zbog čega nije potreban uzgoj kulture. Ove su metode osobito korisne za otkrivanje mikroorganizama koje je teško uzgojiti ili otkriti pomoću drugih metoda (npr. virusa, obvezatnih intracelularnih uzročnika, gljivica, mikobakterija, nekih drugih bakterija) ili koji se nalaze u malom broju. Testovi u koje može biti uključena amplifikacija (npr. lančana reakcija polimeraze [PCR], PCR reverznom transkriptazom [RT–PCR], amplifikacija pomaka lanca, transkripcijska amplifikacija), amplifikacija signala (npr. pretrage razgranate DNK, hvatač hibrida), amplifikacijska proba (npr. lančana reakcija ligaze, upadač–cjepač metoda, ciklične probe), ili postamplifikacijska analiza (npr. određivanje nizova amplificiranog produkta, mikromatrična analiza i analiza krivulje taljenja se izvode pomoću PCR–a u realnom vremenu).

Budući da je amplifikacijska metoda tako osjetljiva, lako može doći do lažno pozitivnih rezultata zbog zagađenja uzorka ili opreme. Usprkos velikoj osjetljivosti, ponekad se događaju lažno negativni rezultati, čak i kad bolesnik pokazuje simptome (npr. kod infekcije virusom zapadnog Nila). Broj lažno negativnih rezultata se može svesti na najmanju moguću mjeru izbjegavanjem uporabe drvenih štapića i vrhova od vate prilikom uzimanja briseva te izbjegavanjem smrzavanja uzoraka koje treba analizirati na prisutnost labilnih virusa, a kad će do pretrage doći tek nakon više od 2 h.